もはやゾイドが戦争の道具ではなくなった時代の惑星Zi。
そこではゾイドバトル連盟の公正なルールのもと、ゾイド対ゾイドの戦闘競技「ゾイドバトル」が繰り広げられていた。
バトルフィールドを回ってゾイドパーツを収集していたジャンク屋のビット・クラウドは、ふとしたことからチーム・ブリッツのゾイド・ライガーゼロと出会い、ゾイドバトルに参戦することになる。